De lo resuelto por las COMPIN o por las mutualidades, recaídas en cuestiones de hecho que se refieran a materias de orden médico, los trabajadores, sus derecho-habientes o los organismos administradores podrán reclamar ante la COMERE, en el plazo de 90 días hábiles administrativos, contado desde la fecha de la notificación o desde el tercer día de recibida en correos, si se notificó por carta certificada.

Los reclamos deberán interponerse por escrito ante la propia COMERE o ante la Inspección del Trabajo.

Los administradores delegados pueden reclamar de las resoluciones a que se refiere el artículo 77 de la Ley Nº16.744 que versen sobre las materias que él indica, ante la Comisión Médica de Reclamos de Accidentes del Trabajo y Enfermedades Profesionales (COMERE) si el dictamen se refiere a "cuestiones de hecho que se refieran a materias de orden médico" y es expedido por una COMPIN y apelar, a su vez, ante la Superintendencia de Seguridad Social, de lo resuelto por la COMERE.

Los organismos administradores o las empresas con administración delegada del Seguro de la Ley N°16.744, deberán designar un apoderado conforme al artículo 22 de la Ley N°19.880, a quien se le confiera poder para concurrir a las sesiones de la COMERE, a fin de exponer sus puntos de vista, acompañar los antecedentes médicos y ocupacionales que estime pertinentes y para ser notificados de la respectiva resolución.

De no concurrir el apoderado a la respectiva sesión de la COMERE, ésta deberá proceder a notificar la resolución al organismo administrador del Seguro o la empresa con administración delegada, mediante carta certificada.

Cuando la COMERE requiera a un organismo administrador o administrador delegado los antecedentes necesarios para pronunciarse sobre los reclamos que le sean formulados conforme al artículo 77 de la Ley N°16.744 y a los artículos 79, 80 y 81 del D.S. N°101, de 1968, del Ministerio del Trabajo y Previsión Social, dicho organismo deberá remitir los antecedentes solicitados dentro de los siguientes plazos:

1. Si se trata de antecedentes médicos que se encuentran en poder del organismo administrador o administrador delegado, por haberse ya practicado los correspondientes exámenes y/o evaluaciones al trabajador, el plazo para remitirlos a la COMERE será de diez días.

2. Si el requerimiento versa sobre exámenes y/o evaluaciones que aún no han sido realizados al trabajador, el plazo para enviar los antecedentes a la COMERE será de veinte días. Si el organismo administrador o administrador delegado no puede localizar al trabajador o éste se niega a realizar el examen requerido, el organismo deberá dejar constancia de ello y comunicar dicha circunstancia a la COMERE dentro del plazo señalado.

​En el evento que la COMERE requiera al organismo administrador o empresa con administración delegada los informes, cuyos formatos se encuentran contenidos en los Anexos N°32 "Informe Neurológico", N°33 "Informe Traumatológico" y N°34 "Informe de Salud Mental", según corresponda, de la Letra I. Anexos de este Título V, deberá remitirlos en el plazo señalado en la letra a) del párrafo anterior.

Junto con la remisión de los referidos antecedentes, los organismos administradores o administradores delegados deberán informar a la COMERE la o las direcciones de correo electrónico que el trabajador registre ante esas entidades. La COMERE podrá utilizar esos correos para contactar al trabajador evaluado y obtener eventualmente su consentimiento para ser notificado electrónicamente de las resoluciones que emita sobre la evaluación de su incapacidad permanente, mientras no le sea aplicable la regulación que el artículo 46 de la Ley N°19.880 - modificado por la Ley N°21.180, de Transformación Digital del Estado - establece en materia de notificación de los actos administrativos.

De las resoluciones emanadas de la COMERE, se podrá apelar ante la Superintendencia de Seguridad Social, dentro del plazo de 30 días hábiles, la que resolverá con competencia exclusiva y sin ulterior recurso.

De acuerdo a lo señalado en el Dictamen N°90.462, de 2015, de la Contraloría General de la República, los organismos administradores deberán computar los plazos de días hábiles del artículo 77 de la Ley N°16.744, sin considerar los días sábados, domingos y festivos.

Los exámenes y traslados necesarios para resolver las reclamaciones y apelaciones presentadas ante la COMERE y la Superintendencia de Seguridad Social, serán de cargo del organismo administrador o de la respectiva empresa con administración delegada.