La prestación que otorga este Régimen corresponde a un subsidio en dinero que tiene por finalidad cubrir la contingencia económica de un trabajador, ante su incapacidad temporal para laborar, debido a una enfermedad o accidente de origen común.

La Ley N° 18.833, en su artículo 19° en su N° 2, facultó a las C.C.A.F. para administrar el Régimen de Subsidios por Incapacidad Laboral previa autorización del Ministerio del Trabajo y Previsión Social, mediante decreto supremo. Para tal efecto, conforme al artículo 27° de dicha Ley, las Cajas perciben una parte del porcentaje de la cotización para salud de las remuneraciones imponibles de los trabajadores adscritos a FONASA.

Las C.C.A.F. deben pagar los subsidios por incapacidad laboral de origen común, esto es, por enfermedad que no sea profesional o accidente que no sea del trabajo, y los subsidios maternales suplementarios que corresponden al descanso pre natal suplementario, prórroga del pre natal y descanso post natal prolongado (Ley N° 18.418, artículo 1°).

Por la administración de este Régimen las C.C.A.F. perciben una comisión que está regulada en la Resolución Conjunta N° 3, de 30 de enero de 1990, del Ministerio del Trabajo y Previsión Social y del Ministerio de Hacienda.

Por su parte, las prestaciones por concepto de descanso pre y postnatal, permiso postnatal parental y por enfermedad grave del niño menor de un año, si bien son, en los casos en que corresponda, pagadas por las C.C.A.F., forman parte del Sistema Único de Prestaciones Familiares, regulado por Decreto con Fuerza de Ley Nº 150 de 1982, del Ministerio del Trabajo y Previsión Social. Este cuerpo legal establece que el referido sistema se financia con cargo a un fondo denominado "Fondo Único de Prestaciones Familiares y Subsidios de Cesantía", constituido con aportes fiscales que se fijan en la Ley de Presupuestos del Sector Público.