Las Caja de Compensación perciben comisiones con cargo a los fondos financieros de las prestaciones que administran conforme al N° 2 del artículo 19 de la Ley N°18.833, esto es, por administrar los regímenes de prestaciones familiares, de subsidios de cesantía y de subsidios por incapacidad laboral respecto de sus trabajadores afiliados afectos al Código del Trabajo del sector privado, de las empresas autónomas del Estado y de aquéllas en que éste o las entidades del sector público tengan participación mayoritaria y de los regidos por la Ley N° 19.070, cuyo texto refundido, coordinado y sistematizado está contenido en el D.F.L. N° 1, de 1997, del Ministerio de Educación, y por la Ley N° 19.378.

Los montos de dichas comisiones son calculados por la Superintendencia para cada Caja de Compensación en relación a cada tipo de prestación, considerando el número de prestaciones pagadas, el de trabajadores afiliados y el promedio de trabajadores de las empresas afiliadas y debiendo considerar un mecanismo de incentivo para el control del gasto originado por las prestaciones que administren. El monto de las comisiones es fijado por Resolución conjunta de los Ministerios del Trabajo y Previsión Social y de Hacienda.

Al respecto, se han impartido instrucciones para la correcta aplicación de las disposiciones de la Resolución conjunta del Ministerio del Trabajo y Previsión Social y de Hacienda, N°3, de 30 de enero de 1990, que fijó el procedimiento para determinar las comisiones a que tienen derecho las C.C.A.F. por la administración de regímenes previsionales, cuyo contenido se encuentra en el Libro VII de este Compendio de la Ley N°18.833, sobre gastos de administración.